День добрый. Никаких проблем не должно быть, расписываете в заключении, что газопровод пересекает такой-то участок, однако на момент строительства указанного земельного участка не существовало, данная территория относилась к неразграниченной государственной собственности, прохождение по которой утверждено таким-то документом (документ к настоящему техническому плану прилагается). Приостановка пришла, так как реестр требует, чтоб в тех план были вписаны все участки (обязательно ВПИШИТЕ кад номер этого участка в программу), которые вы пересекаете (у них протокол горит...), а вот почему пересекаете это уже второй момент, который с Ваших слов согласован как положено, до образования зу.