Нужно править по граница тер.зоны.

Да это по типу заключения кадастрового инженера. Мы так делали:
Пояснительная записка
Территориальная зона, реестровый номер 40.21.1.63, наименование: Р1 — зона сельских скверов, парков, садов, деревня Брежнево муниципального образования сельского поселения «Село Поздняково» Ульяновского района Калужской области, местоположение: Российская Федерация, Калужская область, МО СП «Село Поздняково», Ульяновский район, подлежит исключению из сведений единого государственного реестра недвижимости (ЕГРН).
Территориальная зона была установлена на основании:
1. Карта-план объекта землеустройства Р1 — зона сельских скверов, парков, садов, деревня Брежнево муниципального образования сельского поселения «Село Поздняково» Ульяновского района Калужской области № б/н от 23.07.2018.
2. Решение «О назначении и проведении публичных слушаний по проекту правил землепользования и застройки муниципального образования сельское поселение «Село Поздняково» Ульяновского района № 20 от 12.12.2016.
3. Решение «О внесении изменений и дополнений в Правила землепользования и застройки муниципального образования сельского поселения «Село Поздняково» Ульяновского района" № 4 от 14.03.2017.
В связи с объединением частей территориальной зоны и формированием единой зоны Р1 — зона сельских скверов, парков, садов, МО СП «Село Поздняково» Ульяновского района Калужской области.
и подпись кадастрового инженера

Да, если из 2 зон стала одна, то на 1 нужно сделать xml на аннулирование, и приложить пояснительную записку. У нас в программе Арго 7 есть xml на ликвидацию зоны, там прописывается наименование старое, реестровый номер, и прикладываются все документы на основании которых эта зона вносилась плюс пояснительная записка.

в Арго7, очень хорошо находит пересечения, с многоконтурными и единкой только вручную искать.

Нужно просто внести изменения в зону которая стоит и поменять наименование на ОД1, ОД2, и заполнить раздел 3 сведения о местоположении измененных(уточненных) границ объекта, на аннулирование подавать не нужно.

Обычно решение об утверждении ПЗЗ и если есть решение об изменении ПЗЗ последнее плюс само описание местоположения границ.

Подскажите, а откуда берете координаты границы зоны ООПТ, если на генплане не указано?

Картографическим материалом на основании которого делается описание границ территориальных зон является — правила землепользования и застройки территории.