ЧЗУ не может пересекать границы МО, т.к. предполагается, что ЗУ в составе которого образуется ЧЗУ — не должен пересекать границы МО.
В одной проектной документации вы можете образовывать любое количество ЗУ или ЧЗУ. Нужно было именно разделить участок по границе МО с сохранением общей площади.
Правильное решение — заново согласовать и утвердить проектную документацию и подготовить новый межевой план.

А если это дорога, проходящая в границах населенного пункта?

А для чего вообще Вы это делаете? Для оформления прав на ЗУ?

Да, для этого.