как в таком случае отсечь площадь пересечения для моего отвода? Или не нужно?

А для чего вообще Вы это делаете? Для оформления прав на ЗУ?
Насколько я понял, земельный участок под дорогой не стоит на ГКУ. Обратитесь к собственнику или балансодержателю данной дороги, они Вам скажут, какая ширина (площадь) отводится под эту дорогу.

Прежде чем обращаться к собственнику или балансодержателю данной дороги, необходимо определить координаты оси дороги в месте ее проектируемого пересечения. Само пересечение должно быть под углом 90 градусов (токово требование СНиП). Порядок пересечения автомобильных дорог или проложение коммуникаций параллельно автодороги мы подробно изложили в нашей книге-пособии «Предоставление земельных участков для строительства», где есть специальная глава по автомобильным дорогам.
Если дорога переведена в категорию земель промышленности и иного специального назначения, тогда собственник дороги в ХМАО-Югре, наверняка пользуется земельными участками под дорогой на правах аренды или постоянного бессрочного пользования. Соответственно пересечение дороги будет возможно на правах субаренды, аренды или сервитута.
Если земли под дорогой не переводилась из состава земель лесного фонда, а используются на правах аренды лесных участков, тогда также возможен вариант пересечения дороги на правах аренды или сервитута, а договор придется заключать с лесниками.

земельный участок под дорогой не стоит на ГКУ

ст. 554, а также ст. 552 ГК, а также ст. 1 ЗК — единство судеб земли и всего что на ней находится

Обратитесь к собственнику или балансодержателю данной дороги

собственник возникнет только при наличии прав на данную землю, на баланс возможно принять имущество на которое есть правоустанавливающие документы (Бух кодекс)

Разобраться можно в

в прокуратуре