Если у Вас происходит уточнение контура здания/сооружения, то Вам необходимо удалить имеющиеся данные о всех старых контурах здания/сооружения и описать все контуры здания/сооружения заново. Для того, чтобы старые контуры объекта удалились, их координаты необходимо поместить в специальный элемент «DeleteAllBorder».
То есть необходимо сделать следующее:
1. Опишите сначала координаты существующего (ликвидируемого) контура. Для этого в таблице «Характерные точки » укажите координаты существующего (ликвидируемого) контура в столбцах «Сущ. X» и «Сущ. Y », рядом в уточненных укажите «л». В таблице «Контуры» описываете данный контур(ы) без указания «н». В столбике «Учетный номер» ставите учетный номер этого контура(ов) согласно сведениям ЕГРН.
2. Далее опишите координаты новых контуров только в колонках уточняемые. В таблице «Надземные и подземные контуры» в столбике «Новый» для них поставьте маленькую русскоязычную букву «н». Нумерация новых контуров в столбике «Учетный номер» будет продолжением нумерации старых, то есть нумерация сквозная.
Первым(и) должен быть указан(ы) ликвидируемый контур(ы). Нумерация контуров в таблице «Характерные точки» будет сквозной, то есть не надо начинать нумеровать новые контуры с (1). Нумерация после указания ликвидируемых контуров продолжается.
В итоге существующие контуры будут ликвидированы, а новые добавлены.

Кадастровый учет прошел у меня.

Здравствуйте! Столкнулась с тем же. Обсуждая эту проблему с регистратором пришли к такому решению, что во вкладке «Границы», где указываем признак (под, над или наземный) нужно убрать «н» напротив контуров. Я работаю в Технокаде.
Вчера отправила регистратору, пока результата нет.