Попробуйте с выпиской из ЕГРН на дом и заключением кадастрового инженера(нужно описать, что в жилом доме два жилых помещения, находящихся в собственности одного лица и иных помещений нет) сдать на прекращение права собственности на квартиры и регистрацию права на жилой дом.