Вы как кадастровый инженер должны опираться на сведения ГКН, т.е. на кадастровую выписку, НО, раз имеется разночтение в сведениях ГКН и ЕГРП, то нет гарантии что в ГКН сведения верные. Судя по всему имеет место техническая оошибка. Для ее устранения необходимо подать заявление с запросом об исправлении кадастровой ошибки и приложить имеющиеся у Вас док-ты