а какие документы имеются на данную реконструкцию? Я так понимаю, что нужно по реконструкции (может по решению суда) образовывать из исходного здания (в котором было это помещение) два здания. Соответственно помещение при этот перестанет существовать.

Если это ошибка при «реорганизации» (не понятно, что за действия)в том, что не убрали помещение, то нужно через обращение (30 дней), описав все, что выполнено, и что нужно снять с учета помещение.