Обычно в таких случаях можно подтянуть по чуть-чуть, буквально на 1 мм, несколько точек полосы отвода. То есть, площадь, которую вы откусите от железной дороги, на нескольких измененных на 1 мм точках на большой протяженности, восстановится. Старайтесь точки менять так, чтобы не затронуть каких-нибудь смежников. Все равно понесете акт на согласование федералам, так они и согласуют все измененные границы. Им, главное, чтобы площадь не изменилась.

Если площадь участка декларированная, то при уточнении части границы она остаётся без изменений. Строго говоря, при таком виде работ у вас и в межевом плане нигде не будет указываться площадь смежного участка, и отдельный акт согласования на этот участок вы же не делаете? Но в заключении всё-таки рекомендуется прописать: «Декларированная площадь обособленного участка и ЕЗ с кад. номером… в результате уточнения части границы не изменяется».

Мне кажется ситуация такая:
палата вам предложила уточнить ЖД там, где есть пересечение, при этом они имели ввиду, что точки у дороги с точностью ниже нормативной и можно невзирая на то, что фактически уменьшая площадь дороги, по документации провести только уточнение границы без площади. Это мнение вашей палаты и оно может не совпадать с мнением РЖД. Как выше вам было отмечено, акт подписывает ржд. Найдите выход на их отделение (представительство или др.) в вашем регионе и определитесь с вариантами вместе с ними. У нас они согласились на то, чтобы отрезав у них под накладками, мы им вернули в любом другом месте, но чтобы площадь оставалась и по док и фактическая та же. Работу мы ещё не завершили, т.к. у некоторых участков проблемы с документами, но уже все наперед понятно.

У меня аналогичная ситуация: земли СНТ накладываются на земли Волго-Донского судоходного канала (федеральная собственность, как и железка). Я ходила на прием в Росимущество (непосредственно собственники федер.земель) на прием. Сказали следующее: да, уточняйте свой и наш участок без изменения площади. Где убавите, где прибавите неважно. Но! Если докажите документами, что ваш участок был предоставлен раньше, чем наш, то в этом случае уточнение федеральной собственности возможно и с изменением площади. Только согласование пойдет через Москву.
То есть, чтобы прояснить ситуацию, вам обязательно нужно сходить к собственнику железки.

Тоже в регионах все по разному. Представитель Росимущества у нас больше года назад и сама приезжала по просьбе администрации района, состоялось собрание, где присутствовали правообладатели накладываемых участков, через некоторое время созвонились и пришли к мнению, что нужно связаться непосредственно с железкой. Нам дали понять, что если РЖД подпишет акт, то и они (Росимущество) как собственники подпишут.